Setelah Soeharto mengundurkan diri, DPR lalu menunjuk Bacharuddin Jusuf Habibie atau lebih dikenal BJ Habibie sebagai presiden. Habibie menjadi presiden sejak 11 Maret 1998 sampai 21 Mei 1998 tanpa wakil. Tugas berat diemban Habibie untuk memulihkan ekonomi Indonesia pasca dihantam krisis moneter.
Presiden Abdurrahman Wahid
Abdurrahman Wahid atau lebih dikenal sebagai Gusdur ini merupakan Presiden Indonesia dengan periode kepemimpinan yang paling singkat, yaitu hanya sembilan bulan. Bersama wakilnya, Megawati Soekarnoputri, Gusdur menjabat mulai 20 Oktober 1999 sampai 23 Juli 2001. Kebijakannya yang menonjol adalah membuka lebar keran pluralisme masyarakat Indonesia yang beragam.
Presiden Megawati
Kepemimpinan Gusdur lalu dilanjutkan oleh wakilnya, Megawati Soekarnoputri. Ia menjadi presiden wanita pertama Indonesia yang menjabat sejak 23 Juli 2001 sampai 20 Oktober 2004. Megawati didampingi oleh wakilnya, Hamzah Haz. Tugas beratnya ketika itu ialah mempersiapkan pemilihan presiden pertama kali yang dilakukan secara langsung lewat Pilpres tahun 2004.
Presiden Susilo Bambang Yudhoyono
Memiliki sapaan akrab dari singkatan huruf depan namanya, SBY menjadi Presiden Indonesia pertama yang dipilih secara langsung oleh rakyat lewat pemilu. Pada masa jabatan pertamanya, mulai 20 Oktober 2004 sampai 20 Oktober 2014, SBY didampingi oleh Jusuf Kalla. SBY kembali terpilih sebagai presiden didampingi oleh Boediono mulai 20 Oktober 2009 sampai 20 Oktober 2014.
Presiden Joko Widodo